พ.ศ.2475 กรมรถไฟได้เปลี่ยนระบบบริหารราชการใหม่ โดยแยกโรงงานมักกะสันออกจากกิจการช่างกลโดยให้ขึ้นอยู่กับกิจการช่างทั่วไป ในระยะนั้นมี ม.จ.เสริมสวาสดิ์ กฤดากร ทรงดำรงนายช่างเอก และหลวงเดชาติวงศ์ วราวัฒน์ (ม.ล.กรี เดชาติวงศ์) เป็นผู้อำนวยการโรงงานมักกะสัน และในระยะต่อมา หลวงรถรัฐวิจารณ์ (พุฒ รักตะประจิต) ก็ได้เข้ารับตำแหน่งต่อจากหลวงเดชาติวงศ์ จนกระทั่งปี พ.ศ.2481 เมื่อมีพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการสำนักและกรมในสังกัดกระทรวงเศรษฐการ (ฉบับที่ 8) ประกาศใช้ การดำเนินกิจการของโรงงานมักกะสัน ก็กลับมาสังกัดในราชการของฝ่ายการช่างกลตามเดิม จนกระทั่งกาลปัจจุบัน